У патчей в формате IPS есть целый ряд недостатков, но самый существенный - отсутствие каких-либо контрольных сумм. Из-за чего патч можно применить например не к той версии рома. Автор эмулятора bsnes, byuu, разработал новый формат - BPS, который учитывает все недостатки предыдущих форматов, и кроме того, использует delta кодирование, что существенно уменьшает размер патчей, а так же позволяет вставлять метадату с любой информацией, например об авторах патча, и т.п. Спецификация очень простая, код открыт, имеются кросплатформенные утилиты создания/применения патча как с графическим интерфейсом, так и через коммандную строку.

Описание, спецификация, утилиты и исходные коды на официальной странице:

http://byuu.org/programming/bps/

PS: не обязательно отказываться от IPS, можно просто добавлять в архив BPS патч, они настолько малы, что никому точно не помешают.