Просто прога сохраняет экран тайлов полностью. И если файл меньше, чем этот экран, то на нём в начале показаны данные файла, а в конце - пустой экран. А при сохранении экран сохраняется полностью и в итоге исходный файл становится больше.

Надо ввести проверку на размер файла, и обрезать всё после того, как исходный размер превышен.

Но эту опцию надо сделать по умолчанию, но редактируемой, чекбокс или галку, чтобы в случае чего можно было убирать. Так как иногда бывает нужно увеличить размер...